紛失、盗難、滅失など何かしらの事由により在留カードを失ってしまった場合、その事実を知ったときから１４日以内に（海外滞在時に気が付いた場合は，その最初に入国した日），在留カードの再交付申請をしなければなりません。
１．国内で在留カードを失くした場合
（１）紛失や盗難の場合
警察署、交番、駐在所にて届出をおこないます。紛失した場合は遺失届、盗難された場合は盗難届となります。届出先は、どこの警察署、交番、駐在所でも可能ですが、落とした場所を管轄する警察署、交番、駐在所へ届出をおこなうことが望ましいです。それぞれ届出証明書が発行されます。在留カード再交付申請書類一式と共にこの届出証明書を提出します。
（２）災害による滅失の場合
居住する各市区町村にて罹災証明書（りさいしょうめいしょ）の交付申請をおこないます。在留カード再交付申請書類一式と共にこの届出証明書を提出します。
２．海外で在留カードを無くした場合
現地警察に届出をおこない、証明書を発行してもらう必要があります。なお、後におこなう再入国許可申請では、現地発行の証明書等の和訳を提出する必要があります。また、現地の日本国大使館では、在留カードの再発行はできません。
再入国許可（みなし再入国許可を含む）で出国中に在留カードを失くし、日本への再入国が可能であることを示す資料が無い場合，代理人当を通じて最寄りの地方出入国在留管理局等で、在留カードに代わる「再入国許可期限証明書」の交付を申請することも可能です。
なお，代理人の方等とは，本人と同居する親族又は本人から委任を受けたことを証する書面（委任状）を所持する方をいいます。委任状については，原本でなくても受け付けられるようです。
３．在留カード再交付申請時の必要書類（法務省HPより）
（２）所持を失ったことを証する資料
遺失届出証明書，盗難届出証明書，り災証明書等（提出できない場合はその理由及び紛失した状況を記載した理由書）。海外で発行された証明書の場合は、その和訳を付す必要があります。
（３）在留カード漢字氏名表記申出書（漢字氏名の併記を希望する場合）
（４）パスポート（又は在留資格証明書）の提示
提示できないときは，その理由を記載した理由書。
（５）資格外活動許可書を提示（同許可書の交付を受けている場合）
（６）身分を証する文書等の提示（上記（４）を提示できない場合，または申請取次者が申請を提出する場合）
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